Çok değişik ulusların ve uzun yıllar süresince de değişik Türk devletlerinin eğemenliğinde kalan Şenkaya İLçesine bağlı yeşilkaya köyü(mıtınder)1514 yılından itibaren osmanlı imparatorluğunun yönetimine girmiştir.
1828-1829 Yıllarında rus istilasına uğrayan bölge,daha sonra 1877-1878 (93 harbi)Osmanlı-rus savaşında Gazi Ahmet Muhtar Paşa komutasındaki Osmanlı kuvvetlerinin yenilmesi üzerine 1879 YılındaAyestofanos anlaşması ile Kars'a bağlanarak Rus egemenliğine girmiştir.Gaziler çayı,Rusya ile Osmanlı imparatorluğu arasında 1917 Yılına kadar sınır teşkil etmiştir.
Birinci Dünya Savaşı sırasında Enver paşa Komutasındaki Türk kuvvetlerinin Allahüekber dağlarını geçmek isterken 78,000 Askerimizin 26 Aralık 1914-2 Ocak 1915 tarihleri arasında soğuktan donarak şehit olması bölgedeki ermenilerin bağımsız bir devlet kurma hevesine girmelerine neden olmuştur. 1917 Ekim ayında Bolşevik ihtilalinin çıkması üzerine Rusların bölgeden ayrılmasından sonra çevrede büyük talan ve zulümlere girişmişlerdir.
Ancak Bakü İslam Cemiyeti temsilcisi öğretmen İsmail Nazarlıoğlu tarafından kurulan ve ilçe halkından Molla Bilal'in katıldığı 7 kişilik komitenin çalışmaları sonucu oluşturulan Milis Kuvvetlerince Ermenilere karşı güçlü bir direnme gösteren bölge 7 Nisan 1918'de Binbaşı Osman Nuri Bey komutasındaki Türk kuvvetlerince kurtarılmıştır

Yeşilkaya Şenkaya İlçesine 7 km uzaklıkta ilçe merkezine sınır ve en yakın köydür. Hüseyindede dağı eteklerinde kurulmuş şenkayanın en fazla göç veren köylerinden birisidir. İş nedeniyle 1970 li yıllarda başlayan Göç yoğunlukla Ankara ve izmir illerinde toplanmıştır. Değer metropol kentlerimizdede ikamet eden köylülerimizde vardır. Cumhuriyetimizin kuruluşundan sonra köyümüzde okuma yazma oranı kısa sürede ` lara ulaşmış (şimdi yüzde yüzdür)ve bu okuma yazma seferberliğinde köyümüzde Eğitmen olarak gönüllü çalışan Rahmetli Hüyesin YILDIRIM'ı Köylüler saygı ile anmaktadır. Bu Vesileyledirki okuma yazma oranı yüksek olan kırsal bir köyün geçim kaynağı olmayan bir köyün arazizi yeterli olmayan bir köyün okuyan insanın yurdun çeşitli bölgelerine dağılmaları üst düzeyde iş adamı ve devletin çeşitli kademelerinde yer almaları doğaldır. Köyümüze şu an acil yapılması gereken su şebekesinin yenilenmesidir. 2000 li yıllarda yeni bir şebeke tahsis edildi ancak yeterli değildir. Alt yapı (Kanalizasyon ) sorunu acilen çüzülmelidir. Köyden göç ederek ayrılan köylülerimizin Ankara ve İzmirde Çok Faal dernekleri mevcuttur. Toplantılarla yada haberleşme yoluyla özellikle bu iki derneğimiz aracılığı ile köyde eskimiş yıkılmış (Harebe olmuş) binaların tamiri mümkün olanların tamiri mümkün olmayanların ise temizlerek ortadan kaldırılması gereklidir. Yıkılmış harap olmuş toprak damların enkazları aynen yıkıldığı gibi durmaktadır bunların tevsiye edilmesi en azından rüzgarlı havalarda çıkan tozun önlenmesini sağlar. Acil çözülmesi gerekli işlerden birisi Köye Ekmek fırını yapılması sorunu bu günkü Muhtarımız Sayın Birol KARA tarafından (Gerek şahsi katkıları gerekse yardımcı olan köylülerimize teşekkürler) çözülmüş ancak daha moderin hale getirilebilir.